Lilly is een doodnormaal 10-jarig meisje. Dit verandert wanneer er zomaar uit het niets een magisch boek in haar kamer verschijnt, samen met zijn begeleider Hector (een onhandig draakje). Surulunda, een geheime tovenares uit de magische wereld, heeft Lilly gekozen als haar opvolgster en Hector gestuurd om alles uit te leggen aan Lilly. Lilly moet namelijk binnen 99 uur bewijzen dat ze een waardige opvolger is. Het magische boek brengt verschillende spannende belevenissen met zich mee, maar ook een gevaarlijk avontuur met de boosaardige tovenaar Hieronymus, die de wereld over wil nemen. Lilly zal de confrontatie met hem aan moeten gaan.
De film van Heksje Lilly is gebaseerd op de boeken van KNISTER over Heksje Lilly en haar toverboek.